WEB招待状と紙の招待状で使い分けて送りましたが、ゲスト管理をまとめて行いたいです。

はい、可能です。
紙の招待状でご案内したゲストの情報を、ゲストリストから追加登録いただくことで、招待状を送り分けしたゲストをまとめて管理いただけます。

マイページ「ゲストリスト」内の「＋このリストにゲストを追加」より、ゲスト情報をご登録いただけます。